Agus Prabowo, S.H., M.Si.
Kepala Balai TN Karimunjawa
Sutris Haryanta, S.H.
Kepala Subbag Tata Usaha
Iwan Setiawan, S.H.
Kepala SPTN Wil. I Kemujan
Surahman, S.H.
Kepala SPTN Wil. II Karimunjawa
Organisasi Balai Taman Nasional Karimunjawa
Berdasarkan Peraturan Menteri Lingkungan Hidup dan Kehutanan No. P.07/MenLHK/Setjen/OTL.1/1/2016 tanggal 10 Februari 2016 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Taman Nasional, Balai Taman Nasional Karimunjawa merupakan Balai Taman Nasional Tipe B dengan susunan organisasi terdiri dari :
- Kepala Balai
- Kepala Sub Bagian Tata Usaha
- Kepala Seksi Pengelolaan Taman Nasional Wilayah (SPTN)
- Kepala Seksi Pengelolaan Taman Nasional Wilayah I Kemujan
- Kepala Seksi Pengelolaan Taman Nasional Wilayah II Karimunjawa
- Kelompok Jabatan Fungsional
- Polisi Kehutanan
- Pengendali Ekositem Hutan
- Penyuluh Kehutanan
- Arsiparis
Tugas Pokok & Fungsi Balai Taman Nasional Karimunjawa
Taman Nasional Karimunjawa pertama kali ditetapkan sebagai Unit Pelaksana Teknis Balai Taman Nasional Karimunjawa berdasarkan SK Menteri Kehutanan No. 185/Kpts-II/1997 tanggal 31 Maret 1997 bersama dengan 22 Taman Nasional dan 12 Unit Taman Nasional di seluruh Indonesia. Tugas pokok dan fungsi dijabarkan dalam Peraturan Menteri Lingkungan Hidup dan Kehutanan No. P.07/MenLHK/Setjen/OTL.1/1/2016 tanggal 10 Februari 2016 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Taman Nasional.